Mountain of Faith là một trò chơi bắn danmaku màn hình cuộn theo chiều dọc, trong đó người chơi luôn hướng lên trên và được yêu cầu di chuyển xung quanh làn đạn của kẻ thù, bắn kẻ thù xuất hiện từ phía trên đầu màn hình và chiến đấu với những con trùm xuất hiện hai lần trong mỗi màn.

Không giống như các trò chơi Touhou trước đây, khả năng bài phép của người chơi không có bộ đếm riêng mà thay vào đó, khi kích hoạt, nó sẽ tiêu hao một điểm sức mạnh bắn của người chơi, có giới hạn là năm điểm, nhưng chúng có thể được bổ sung bằng cách thu thập các vật phẩm sức mạnh rơi ra từ kẻ thù bị giết.

Được giới thiệu trong cơ chế tính điểm của Mountain of Faith là hệ thống Niềm tin. "Bộ đếm niềm tin", được hiển thị ở góc dưới bên trái của màn hình, xác định số điểm mà người chơi sẽ nhận được bằng cách thu thập các vật phẩm điểm và hoàn thành các loạt thẻ phép của đối phương. Bộ đếm giảm dần theo thời gian, nhưng việc giảm có thể tạm dừng bằng cách đánh bại kẻ thù và thu thập các vật phẩm điểm. Ngoài ra, vật phẩm Điểm Niềm tin đã được giới thiệu trong Mountain of Faith, một biến thể màu xanh lá cây của vật phẩm điểm thông thường, giúp bổ sung niềm tin của người chơi.

Trong Mountain of Faith, người chơi có thể đặt các thông báo gơi ý trong suốt quá trình chơi, có thể được sử dụng cho các lần chơi tiếp theo. Tính năng này có thể được đặt thành tự động, trong đó trò chơi tự động tạo cảnh báo ở các vị trí cụ thể mà người chơi đã chết trong các lần chơi trước. Người chơi cũng có thể chỉnh sửa tệp gợi ý để hiển thị các ghi chú được cá nhân hóa tại những nơi và thời gian nhất định trên màn hình, cho phép tạo các hướng dẫn chiến lược với "khả năng tương tác giống Nico Nico Douga".[1] Mountain of Faith có hai nhân vật có thể chơi được, Hakurei Reimu và Kirisame Marisa, mỗi người có ba kiểu bắn khác nhau, nhưng không giống như các trò chơi trước, tất cả đều dùng chung một loại thẻ phép.